L'operazione di rimozione e trapianto degli alberi è molto delicata e richiede l'utilizzo di tecnologie avanzate. In corso Spezia, come è già stato fatto in altre aree della città, si utilizza una speciale macchina trapiantatrice tedesca capace di sollevare una zolla di terra molto grande che contiene al suo interno una gran parte delle radici della pianta. Gli alberi sono così trasportati e ricollocati in un'altra zona della città e per i tre anni successivi al trapianto la ditta specializzata che ha eseguito l'operazione è responsabile della loro cura. Se la pianta non dovesse attecchire, la ditta è obbligata a sostituire l'esemplare con un altro di dimensioni adeguate. Al termine dei tre anni gli alberi restano in carico alla città.
Le operazioni di trapianto e di rimozione degli alberi, iniziate prima dell'avvio dei lavori del sottopasso, si sono concluse nel mese di febbraio, causa la sospensiva, poi non confermata, richesta al TAR dalle associazioni ambientaliste.