L'autorità competente al rilascio dell'autorizzazione effettua il controllo degli scarichi sulla base di un programma che assicura un periodico, diffuso, effettivo ed imparziale sistema di controlli preventivi e successivi.
Per gli scarichi in pubblica fognatura l'ente gestore organizza un adeguato servizio di controllo secondo le modalità previste nella convenzione di servizio.
Il soggetto incaricato del controllo è autorizzato ad effettuare le ispezioni, i controlli, e i prelievi necessari all'accertamento del rispetto dei valori limite di emissione, delle prescrizioni contenute nei provvedimenti autorizzativi e delle condizioni che danno luogo alla formazione degli scarichi.
Fermo restando l'applicazione delle norme sanzionatorie, in caso di inosservanza delle prescrizioni autorizzative, l'autorità competente, secondo la gravità dell'infrazione procede:

• alla diffida stabilendo un termine entro cui devono essere eliminate le irregolarità,
• alla diffida e contestuale sospensione dell'autorizzazione per un tempo determinato ove si manifestano situazioni di pericolo per la salute pubblica,
• alla revoca dell'autorizzazione in caso di mancato adeguamento alle prescrizioni imposte con la diffida e in caso di reiterate violazioni.

Chiunque effettui scarichi di acque reflue domestiche o di reti fognarie servite o meno da impianti pubblici di depurazione, senza l'autorizzazione, ovvero continui ad effettuare detto scarico anche dopo che l'autorizzazione sia stata sospesa o revocata, è punito con la sanzione amministrativa da 6.000 a 60.000 euro, nell'ipotesi di edifici isolati adibiti ad uso abitativo, la sanzione è da 600 a 3.000 euro.